Der Film beginnt auf der Insel Lummerland, auf der Jim Knopf und Lukas der Lokomotivführer sich danach sehnen, mit ihren Lokomotiven Emma und Molly eine abenteuerliche Reise anzutreten. Immer noch plagen Jim die Fragen nach seiner Vergangenheit und seinen Eltern. Als König Alfons der Viertel-vor-Zwölfte den Bewohnern von Lummerland sein Anliegen nahebringt, dass die Insel einen Leuchtturm benötigt, begeben sich Jim und Lukas auf eine erneute Reise, um ihren Freund, den Scheinriesen Tur Tur, für diese Aufgabe anzuheuern, der durch seine immense Größe, die jedoch bloß aus der Ferne zu erkennen ist, mit einer Laterne in der Hand, ein geeigneter Kandidat für diese Aufgabe wäre.

Auf dem Meer treffen sie die Meerjungfrau Sursulapitschi, für die Jim und Lukas den kaputten Gurumusch-Magneten reparieren. Aus zwei magnetischen Steinen gelingt es Lukas, die Lokomotive Emma flügtüchtig zu bauen. Aufgrund des magnetischen Berges müssen die beiden Jims Lokomotive Molly zurücklassen, versprechen der Meerjungfrau jedoch, zurückzukehren und einen Wächter für den mächtigen Magneten zu suchen, der diesen bei Bedarf für herankommende Schiffe an- und ausschalten kann.

In der Wüste treffen die beiden auf Herrn Tur Tur, in dessen Haus sich der Drache Nepomuk, den Jim und Lukas bereits kennen, eingenistet hat. Sie überzeugen den verängstigten Tur Tur, dass von dem kleinen Drachen keine Gefahr ausgeht und können diesen von der Idee begeistern, der neue Leuchtturmwächter von Lummerland zu werden. Für Nepomuk, welcher von den anderen Drachen in Kummerland verstoßen wurde, finden sie auch eine Aufgabe und schlagen ihn als Wächter des Magnetfelsens vor. Mit Tur Tur und Nepomuk reisen Jim und Lukas zurück zum Gurumusch-Magneten und stellen Nepomuk der Meerjungfrau Sursulapitschi vor. Mithilfe Nepomuks kann diese den Kristall der Ewigkeit finden, nach welchem Sursulapitschi auf der Suche war, um endlich ihren Geliebten heiraten zu können. Jim und Lukas verabschieden sich, während Nepomuk die Aufgabe des Wächters übernimmt und Herr Tur Tur von einer Kutsche von Seepferdchen nach Lummerland gebracht wird.

Jim und Lukas machen sich auf den Weg nach Mandala und treffen dort Frau Mahlzahn, welche inzwischen zum goldenen Drachen der Weisheit geworden ist. Von ihr bekommen sie die Botschaft, die Piratenbande der Wilden 13 aufzusuchen, um hinter das Geheimnis von Jims Vergangenheit zu kommen.

Mit einem Schiff brechen Jim, Lukas und die Prinzessin Li Si als blinder Passagier auf, werden auf offener See jedoch von der Wilden 13 angegriffen und entführt. Nur Jim kann ungesehen von den Piraten fliehen und seine Freunde in der Festung der Wilden 13, dem Land, das nicht sein darf, befreien. Dort nimmt sich Jim, nachdem er sich an die Worte des Drachen der Weisheit erinnert, den Stern des Piratenhauptmanns, welchen ihn als solchen kennzeichnet und erfährt, während er die Wilde 13 belauscht, dass er einst in einem Binsenkörbchen von den Piraten gefunden wurde, und diese ihn fälschlicherweise nicht nach Kummerland (die Stadt der Drachen) zum Drachen Mahlzahn, sondern nach Lummerland geschickt haben. Als die Wilde 13 das Fehlen des Sterns bemerken, geraten die Piraten in einen Streit und Jim gelingt es, nachdem sie sich bewusstlos geprügelt haben, die Wilde 13 zu fesseln. In der Schatzkammer der Piraten findet Jim ein Bild seiner Eltern sowie Zepter und Krone und erfährt, dass er in Wahrheit der Prinz Myrrhen von Jamballa ist. Die Wilde 13 erkennt Jim als ihren neuen Anführer an und lassen sich von ihm individuelle Namen geben, woraufhin sie erfahren, dass sie eigentlich bloß 12 Brüder sind. Ihre neuen Namen basieren jeweils auf einem Buchstaben, den die Piraten schreiben können.

Durch einen Rat des Drachen der Weisheit fluten die Piraten ihre Festung und lassen sie im Meer versinken, damit unter Lummerland das versunkene Königreich Jamballa emporsteigen kann. Zurück in Lummerland nehmen die Bewohner der Insel die Wilde 13 in ihrer Mitte auf und lassen sich von Herrn Ärmel in Lesen, Schreiben und Rechnen, sowie in allgemeinen Gepflogenheiten und Benehmen unterrichten. Herr Tur Tur hat inzwischen seinen Dienst als Leuchtturmwärter angetreten und ist nun ebenfalls fester Bestandteil von Lummerland.

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