Die vier New Yorker Zootiere Alex der Löwe, Marty das Zebra, Melman die Giraffe und Gloria das Nilpferd, die im Vorgängerfilm auf Madagaskar gestrandet waren, wieder nach New York in ihren Zoo zurückzukehren. Ihre Gastgeber, die Lemurenkolonie unter dem verrückten King Julien, und die aus dem Vorgängerfilm bekannte schlagkräftige Pinguin-Gang helfen ihnen, ein seit Jahrzehnten dort liegendes Flugzeugwrack wieder flottzumachen. Aus Treibstoffmangel muss die Gruppe nach kurzer Flugzeit in Afrika bruchlanden. Sie landen in einem Tierreservat, dessen einzige Wasserstelle Treffpunkt zahlreicher Arten ist.
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